Hai ngày sau khi tớ Edinburg, Knox đi tiếp đến Dundee, nơi có nhiều người ủng hộ Kháng Cách chào đón ông. Knox bị đặt ngoài vòng pháp luật, và khi hoàng hậu nhiếp chính triệu tập người Kháng Cách đến Stirling, nhiều người e sợ sẽ diễn ra một vụ xét xử sắp đặt trước rồi hành quyết. Người Kháng Cách quyết định tập trung về Perth, một thị trấn có tường thành bảo vệ, đề phòng cho trường hợp xảy ra một vụ bao vây.

Khi Knox đang thuyết giảng trong Nhà thờ St John the Baptist, một sự cố nhỏ biến thành một vụ bạo động. Đám đông tấn công hai trang trại bò sữa trong thị trấn, cướp vàng bạc và đập đổ ảnh tượng. Mary Giuse triệu tập những nhà quý tộc trung thành và một đội binh người Pháp. Bà gởi thông điệp cho Archibald Campbell, Bá tước Argyll, đề nghị hòa giải và tránh bùng nổ chiến tranh, với lời hứa sẽ không cử quân binh người Pháp đến Perth nếu phe Kháng Cách rời bỏ thị trấn. Người Kháng Cách đồng ý, nhưng khi hoàng hậu nhiếp chính tiến vào Perth, bà được hộ tống bởi binh lính người Scotland ăn lương Pháp. Campbell và Stewart xem điều đó là một sự phản bội và quyết định đứng về phía Knox, lúc ấy đang ở St Andrews.

Đối đầu với viện binh Kháng Cách đến từ các hạt lân cận, hoàng hậu nhiếp chính triệt thoái về Dunbar. Ngày 30 tháng 6, phe Kháng Cách chiếm đóng Edinburg, nhưng chỉ giữ được trong một tháng.

Khi biết hoàng hậu nhiếp chính cầu viện người Pháp, Knox viết thư cho William Cecil, cố vấn trưởng của Elizabeth để tìm kiếm sự trợ giúp từ nước Anh. Khi viện binh Pháp cập cảng Leith của Edinburg, phe Kháng Cách đáp trả bằng cách tái chiếm Edinburg. Lần này, ngày 24 tháng 10 năm 1559, giới quý tộc Scotland truất quyền nhiếp chính của Mary Giuse. Thư ký của Mary, William Maitland nhà Lethington, bỏ sang phe Kháng Cách. Từ đó, Maitland đảm nhận các chức trách chính trị để Knox lo chu toàn nhiệm vụ của nhà lãnh đạo tôn giáo. Đến giai đoạn cuối của cuộc cách mạng, Mailand kêu gọi lòng yêu nước của người Scotland nhằm đánh đuổi người Pháp. Cuối tháng 3, viện binh đến từ Anh củng cố lực lượng Kháng Cách. Ngày 10 tháng 6 năm 1560, Mary nhà Giuse đột ngột từ trần, dọn đường cho sự kết thúc tình trạng thù địch trong nước, tiến đến việc ký kết Hiệp ước Edinburg, quân đội Pháp và Anh đều triệt thoái khỏi Scotland. Ngày 19 tháng 7, Knox tổ chức lễ tạ ơn tại Nhà thờ St Giles.[46]